تا اینجای کار مزایای وام خانگی را نسبت به وام‌های بانکی بررسی کردیم. اما صندوق‌های وام خانگی معایبی را نیز با خود به همراه دارد. که در ادامه مطلب به آن می‌پردازیم. مبلغ آن کم است در اکثر مواقع مبلغی که جهت وام خانگی سرمایه‌گذاری می‌شود. کمتر از میزان نیاز افراد است. این موضوع به دلایل مختلفی مانند کمتر بودن اعضای صندوق وام خانگی، کم بودن اقساط ماهانه و … اتفاق میفتد. این موضوع یکی از اساسی ترین معایب صندوق وام خانگی است و از طرف دیگر بالا بردن تعداد اعضای صندوق دردسرهای خاص خود را به همراه دارد .
دیرکرد در پرداخت اعضا و پیگیری پرداخت از سوی مدیر صندوق از جمله این دردسرهاست. وام خانگی صندوقی متشکل از اعضای آشنای خانواده و فامیل است. طبیعتا تعداد این افراد نمی‌تواند از عدد مشخصی افزایش پیدا کند، به رغم همین موضوع افزایش مبلغ نیز فراهم نمی‌شود. قانون‌شکنی در وام خانگی یکی از مسائلی که متاسفانه در وام خانگی رخ می‌دهد، قانون‌شکنی‌های اعضا و مدیر صندوق است.
در مواقع متعددی قرعه‌کشی‌های صندوق شفافیت لازم را ندارد. مدیر صندوق وام خانگی با تبانی اعضا تقلب می‌کند و نام یکی از افراد را بدون قرعه‌کشی به عنوان برنده اعلام می‌کند. اگر این موضوع صورت گیرد باعث ایجاد جوی نامساعد و از بین رفتن عنصر اعتماد بین اعضا می‌شود و چه بسا ممکن برای تمدید اشتراک در صندوق بعدی ، افراد فعلی از مشارکت صرف نظر کنند . از معدود دیگر اتفاقاتی که ممکن است در صندوق‌های خانگی رخ می‌دهد، کلاهبرداری برخی از افراد از صندوق و متواری شدن آنان است. این اتفاق ممکن است زمانی رخ دهد که یک فرد با برنده شدن وام خانگی اقدام به پرداخت اقساط خود نکند. در مواقع دیگری نیز مدیر صندوق وام خانگی پس از جمع‌آوری اقساط اعضای صندوق متواری شود. بهتر است در عضویت صندوق وام‌های خانگی احتیاط به خرج دهیم.
یکی از مشکلات وام‌های خانگی نداشتن سازوکار درست در صندوق است. روشن نبودن قوانین گاهی ممکن است سبب تخلف اعضای صندوق دست شود. عدم وجود قانون روشن و مستند در نهایت موجب بر هم خوردن نظم صندوق و مستقل عمل کردن اعضا می‌شود. این موضوع می‌تواند زمینه‌ساز منحل شدن کلی صندوق را فراهم آورد. بهترین راه برای این کار تهیه یک اساس‌نامه و عمل بر طبق آن است.
عدم پرداخت به موقع اعضا پرداخت نکردن اقساط در موعد مشخص توسط اعضای صندوق وام‌های خانگی می‌تواند زمینه‌ساز بی نظمی در صندوق شود. این مشکل اغلب در زمانی رخ می‌دهد که افراد وام خود را دریافت کرده‌اند و اکنون برای پرداخت اقساط تعلل می‌ورزند که همین موضوع باعث شده بسیاری از صندوق های وام خانگی عمری کوتاه تر از دو سال داشته باشند